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Biomek FXp助力覆蓋多種腫瘤患者測(cè)序突變數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)表

點(diǎn)擊次數(shù):1877 更新時(shí)間:2017-06-29


 

5月8日, Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MKSCC)的科學(xué)家在Nature Medicine雜志發(fā)表一篇重量級(jí)文章,他們通過(guò)對(duì)上萬(wàn)名晚期癌癥患者,300多種腫瘤進(jìn)行了基因測(cè)序,并同時(shí)收集這些腫瘤病人的臨床、病理等各方面信息,并將這些信息公開(kāi)在http://cbioportal.org/msk-impace上,以便*的研究人員能共享這些數(shù)據(jù)與信息。

MSK-IMPACT,一種新型的基因捕獲測(cè)序
此研究是基于MSK-IMPACT (Integrated Mutation Profiling of Actionable Cancer Targets)測(cè)序技術(shù)進(jìn)行的,這是一種更靈活和全面的新型癌癥測(cè)序技術(shù),不僅適合當(dāng)前大部分腫瘤類(lèi)型,而且還能夠檢測(cè)罕見(jiàn)的突變以及其他關(guān)鍵的遺傳變異。MSK-IMPACT是以二代測(cè)序(NGS)為基礎(chǔ),并結(jié)合癌癥基因的研究,選擇了341個(gè)關(guān)鍵的“癌基因”。研究人員通過(guò)對(duì)癌癥患者的這些“癌基因”區(qū)域測(cè)序,可以檢測(cè)到相關(guān)蛋白編碼區(qū)突變、拷貝數(shù)突變、啟動(dòng)子突變和基因重排等基因突變。
 


 

Biomek FXp自動(dòng)化工作站助力MSK-IMPACT高質(zhì)量測(cè)序文庫(kù)
研究人員將獲得的50-250 ng DNA先使用Biomek FXp自動(dòng)化工作站進(jìn)行濃度均一化在55uL 的TE緩沖液中,然后使用Covaris進(jìn)行片段化。之后,再在Biomek FXp上進(jìn)行一系列的酶反應(yīng)及純化,包括片段化、末端修復(fù)、加A堿基、接頭連接和PCR富集等(Kapa Biosystems),以獲得高質(zhì)量的測(cè)序文庫(kù)。
 






 

共享數(shù)據(jù)開(kāi)啟醫(yī)療新局面
此項(xiàng)研究打開(kāi)了MSKCC在臨床測(cè)序領(lǐng)域的一個(gè)“高潮”,300多種腫瘤,上萬(wàn)名癌癥患者測(cè)序突變數(shù)據(jù)庫(kù)的建立與數(shù)據(jù)共享更是一個(gè)新的里程碑,讓測(cè)序數(shù)據(jù)不再只是堿基序列,而是存在巨大潛力的寶藏,造福*。
 

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